Se encuentran en la sierra de Atapuerca, Burgos, en el yacimiento de la Gran Dolina restos del Homo antecessor con, al menos, una antigüedad de 800 años, y en la Sima del Elefante otros de una especie de Homo sin concretar y de 1,2 millones de años. Estos restos quedaron al descubierto al construir una línea de ferrocarril en el siglo XIX.
Las primeras exploraciones sistemáticas del complejo kárstico de Cueva Mayor se remontan a la mitad del siglo XIX. Sin embargo, esta cueva ya era conocida y visitada desde mucho tiempo antes. En 1863, Felipe Ariño solicita la concesión en propiedad de la cueva. Cinco años después, en 1868, se publica una descripción detallada de la cueva, de manos de Pedro Sampayo y Mariano Zuaznávar, en la que describen por primera vez la conocida actualmente como Sima de los Huesos. Esta tiene una segunda referencia en 1890 en una demanda para obtener un permiso de exploración minera de otras zonas de Cueva Mayor. De una forma paralela a estas primeras investigaciones, suceden multitud de expoliaciones y destrucción de su interior.
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